Pada 14 Maret 1998, Habibie digaet menjadi Wakil Presiden mendampingi Soeharto,tetapi jabatan itu tidak berlangsung lama. Selang dua bulan, terjadi demo besar-besaran yang akhirnya meruntuhkan masa pemerintahan Soeharto.
Mundurnya Soeharto dari jabatan presiden akibat Tragedi Mei 1998 membuat posisi Habibie naik dari Wakil Presiden menjadi Presiden pada 21 Mei 1998, namun sayangnya hanya sampai 20 Oktober 1999. Meski begitu, banyak hal yang sudah dilakukan olehnya, seperti beberapa Undang-undang (UU) menjadi terobosan baru, yaitu UU Otonomi Daerah, UU Anti Monopoli atau UU Persaingan Sehat, serta UU Partai Politik.
Selain itu, ia juga membebaskan atau memberikan peluang kepada masyarakat banyak untuk mengeluarkan pendapatnya. Hal ini membuat berbagai partai politik bermunculan sehingga aturan yang melarang berdirinya serikat buruh independen juga dihapus.
Dalam masa singkat itu nilai tukar dollar terhadap rupiah juga berhasil ditekan. Sempat melonjak di kisaran Rp 10 ribu hingga Rp 15 ribu, Habibie mengakhiri masa kepemimpinannya dengan nilai tukar rupiah naik menjadi Rp 6.500.
Meski begitu, saat Habibie menjabat menjadi presiden, Indonesia harus kehilangan Timor-Timur. Hal itu terjadi setelah adanya survei yang menunjukkan jika 78,5 persen penduduk wilayah tersebut menolak tawaran Indonesia soal otonomi khusus yang kemudian Timor-Timur berubah menjadi negara Timor Leste.
Lepasnya Timor-Timur rupanya dijadikan kesempatan bagi pihak oposisi untuk melengserkan Habibie. Pada saat itu, laporan pertanggungjawabannya juga tidak diterima oleh MPR. Habibie memilih untuk kembali ke Jerman dan menjadi orang biasa. Namun saat era Susilo Bambang Yudhoyono Habibie kembali ke Indonesia dan menjadi penasihat presiden.
https://www.cermati.com/artikel/mengenal-sosok-bj-habibie-penemu-faktor-habibie-yang-dipakai-penerbangan-seluruh-dunia